根据流行病学资料、临床症状和体征以及实验室检查结果的综合分析进行诊断，但确诊则需要依靠抗体检查或病原分离。
(一)流行病学：在乙脑流行区居住，在蚊虫叮咬季节发病或发病前25天内在蚊虫叮咬季节到过乙脑流行区。
(二)临床症状和体征
1．急性起病，发热头痛、喷射性呕吐、嗜睡，伴有脑膜刺激症状。
2．急性起病，发烧2-3天后出现不同程度的意识障碍，如昏迷、惊厥、抽搐、肢体痉挛性麻痹等中枢神经系统，或发展至中枢性呼吸循环衰竭。
（三）实验室检查
1．脑脊液：压力增高，呈非化脓性炎症改变（外观清亮，蛋白轻度增高，糖与氯化物正常，白细胞增高，多在50-500×106/L，早期多核细胞为主，后期单核细胞为主。
2．一个月内未接种过乙脑疫苗者，血或脑脊液中抗乙脑IgM抗体阳性。
3．恢复期血清中抗乙脑IgG抗体或中和抗体滴度比急性期有4倍以上升高者，或急性期抗乙脑IgG抗体阴性，恢复期阳性者。
4．乙脑病毒分离：从脑脊液、或脑组织、或血清分离乙脑病毒阳性。
（四）病例分类：
1、疑似病例：具体三（一）加三（二）1或三（二）2
2、临床诊断病例：疑似病例加三（三）1
3、确诊病例：疑似病例或临床诊断病例加三（三）2或三（三）3或三（三）4
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