临床微生物检验工作中，标本的正确选择、采集和运送是保证实验室质量的重要环节，是实验室工作准确和有效的前提。
一、标本的采集：1、早期采集：病程早期、急性期或症状典型时，应在使用抗菌药物之前采集。2、无菌采集：应无外源性污染。在采集血液、脑脊液、胸腔积液、关节液等无菌标本应严格进行无菌操作。采集的标本均应盛于无菌容器内。3、根据目的菌的特性用不同的方法采集。4、采集适量标本。5、安全采集，防止正常菌群对标本的污染及防止传播和自身感染。
二、标本的处理：对环境敏感的细菌应保温并立即送检，其他标本采集后2小时内送检否则应置于一定环境中保存。一般情况下细菌培养标本保存不应超过24小时。厌氧性标本应放在专门的运送瓶或试管内运送。
血液感染是一种危重的全身感染。医院感染引起的菌血症占菌血症总数的30-60%，主要发生于ICU和老年病房或继发于免疫抑制药物的应用、气管切开、各类导管插管、透析疗法、器官移植等诊治措施的重病患者。常见的菌血症或脓毒症有：1、葡萄球菌菌血症：由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌及凝固酶阴性葡萄球菌引起的菌血症和脓毒症逐年增多，占菌血症的10-15%，发病急，中毒症状重。2、肠球菌菌血症：占菌血症的10%，常见泌尿生殖道、消化道和腹腔感染的患者，易并发心内膜炎，对多种抗生素耐药，病情较重。3、G-杆菌菌血症：主要侵犯危及机体免疫功能低下的患者。常可引起泌尿生殖道、胃肠道、胆道及呼吸道感染，严重者可引起感染性休克和DIC，甚至出现多脏器功能衰竭。4、厌氧菌菌血症：厌氧菌常寄居于口腔、肠道和泌尿生殖道，常合并需氧菌感染。5、真菌血症：由条件致病真菌引起，主要发生于菌群失调患者，常可播散累及肝、肺和心内膜。
脑脊液一般用腰穿取得，应立即送检，不能超过1小时。1、细菌性脑膜炎是常见中枢神经系统感染性疾病，以流行性脑脊髓膜炎脑为常见，呈暴发型，多发于5-29岁，冬春季多发。2、真菌性脑膜炎最常见于隐球菌脑膜炎，免疫功能低下和恶性疾病患者易并发，常合并其他病原菌感染。3、流行性乙脑是一种人兽共患的自然疫源性疾病，蚊虫为媒介，家禽、家畜、野生动物和患者为传染源，人群普遍易感，多为隐性感染者，但可获持久免疫力，少数患者病情严重伴有后遗症。4、肠道病毒：除脊灰外还可见于新肠道病毒68-71型，可造成中枢神经系统的严重损害及后遗症。
脓液标本应先冲洗病灶的杂菌再采集。可以抽取或排液法取得，厌氧菌感染应注意避免正常菌群污染以及避免接触空气。细菌造成伤口感染一般认为每克组织内细菌数量在-以上。外伤性创口以葡萄球菌和链球菌多见，深部创伤极易引起破伤风和气性坏疽等厌氧菌感染。烧伤创面常见G-杆菌感染。急性化脓性关节炎常由金葡菌、溶血性链球菌、淋病奈瑟菌、肺炎链球菌感染所致。慢性化脓性骨关节炎、慢性骨髓炎常由结核分枝杆菌感染所致。放线菌感染可发生于免疫功能下降时或由于排戏睡、口腔黏膜损伤时。
痰液标本应尽可能在用抗菌药物前采集，下呼吸道的痰是无菌的，故采集痰液标本时要注意采取来自于下呼吸道合格的标本以提高检出率和阳性的正确率。合格痰标本中鳞状上皮10/LP、WBC25/LP。下呼吸道感染主要指肺实质性炎症的肺炎和支气管黏膜炎症的支气管炎。细菌性肺炎为下呼吸道感染最常见的类型，主要由肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金葡菌、耐甲氧西林金葡菌和G-杆菌引起，在院感中G-杆菌占50%以上而成为主要病原体。支原体肺炎占10-20%，临床上约80%慢支合并支原体感染。真菌性肺炎以白假丝酵母菌为主，常合并多种细菌感染，治疗困难。病毒性肺炎常由呼吸道病毒引起。
粪便标本用药前自然排便，采集脓血、黏液部分，消化道溃疡、幽门螺杆菌可取胃窦和胃体部分置生理盐水或运送培养基中送检。菌痢由志贺菌引起是肠道感染性腹泻最常见病种。细菌真菌病毒引起的胃肠炎最为常见，由多种病原体感染所致，临床表现为腹泻、呕吐、高热。以沙门菌、专贺菌、大肠埃希菌、结肠炎耶尔森菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、葡萄球菌、弯曲菌、假丝酵母菌及病毒（轮状病毒、腺病毒、埃可病毒等肠道病毒）为主。细菌性食物中毒常可危及生命，多见于沙门菌、副溶血弧菌、致病性大肠埃希菌、葡萄球菌、肉毒梭菌、腊样芽胞杆菌，多发生于夏秋季，是以暴发和集体发病为特征的严重病症。幽门螺杆菌感染致消化性溃疡：胃及十二指肠球部溃疡，主要由HP引起。
尿液应采集清洁中段尿，4度冷藏保存时间不得超过8小时，淋病奈瑟菌培养时不能冷藏保存。80%为G-杆菌，以大肠埃希菌最为常见（70%以上）。20%为G+，以肠球菌为多见。上泌尿系感染（主要有肾盂肾炎）和下泌尿系感染（膀胱炎、尿道炎和前列腺炎）。
生殖道标本应无菌采集。淋病奈瑟菌培养需保温及时送检，支原体、衣原体培养无法及时送检应4度保存。我国卫生部确认8种性传播疾病为重要防治与监测的病种，分别是艾滋病、淋病、梅毒、软下疳、性病淋巴肉芽肿、非淋菌性尿道炎、尖锐湿疣、生殖器疱疹。病原体分别为人类免疫缺陷病毒、淋病奈瑟菌、梅毒螺旋体、杜克雷嗜血杆菌、沙眼衣原体L1L2L3血清型、支原体和衣原体、人类乳头状病毒、人类单纯疱疹病毒2型。
厌氧标本应从无正常菌群寄居的部位采取标本。不宜作厌氧培养的标本有：鼻咽拭子、齿龈拭子、痰和气管抽取物、胃和肠道肉容物肛拭子、接近皮肤和黏膜的分泌物、褥疮溃疡及黏膜层表面、排出的尿或导尿、阴道或子宫拭子、前列腺分泌物。正常情况下厌氧菌同需氧菌及兼性厌氧菌之间保持微生态的动态平衡。正常情况下人体组织的氧化还原电势可阻止厌氧菌的繁殖，组织缺氧或氧化还原电势降低均可造成厌氧菌生长繁殖的适宜环境，易于遭受厌氧菌感染。机体免疫功能下降易并发厌氧菌感染。厌氧菌感染的临床特征：1、感染组织局部产生大量气体（通常是产气荚膜梭菌感染的特征）。2、感染部位多发生在黏膜附近。3、深部外伤的继发感染。4、分泌物有恶臭或为暗血红色，并在紫外光下发出红色荧光。发红色荧光的可能有产黑色素普鲁活菌和不解糖紫单胞菌，分泌物或脓汁中有硫磺颗粒为放线菌感染。5、长期应用氨基糖苷类抗生素治疗无效、新近有流产史、胃肠手术后发生的感染。6、分泌物经涂片染色，镜检发现有细菌而常规培养阴性者或在液体半固体培养基深部长的细菌。
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